События развиваются в городе под названием Академия, который находится в параллельном мире на западной части от города Токио, все люди в этом городе разделяются на эсперов и магов. Наш главный герой Том Камидзё, молодой парень который обладает редким даром с момента своего появления на свет, прикосновением своей руки он способен противостоять любым магическим силам, которые тут же исчезают. Однажды на балкон Тома буквально с неба свалилась молодая девушка в одеянии монашки, после знакомства, ему удается выяснить, что ее зовут Индекс, и ей удалось сбежать от магов, которые насильно ее удерживали. Девушка рассказала Тома, что в ее памяти храниться 103 тысячи запрещенных магических книг, за которыми постоянно охотятся маги. Похоже теперь Тома единственный кто сможет ей помочь.

В провинциальном городке существует небольшой «кружок кристального радио», который основала Асука Цучимия, известная своей жизнерадостностью. Однажды члены кружка решают провести определённый ритуал, который ранее считался городской легендой – согласно слухам, с его помощью можно переместиться в параллельный мир. Чтобы это проверить подруги отправляется в лес, но проведя обряд ничего не происходит. Не сдаваясь Асука на следующий день снова пытается, и на этот раз это ей удается. Попав в иной мир на девчонок нападают странные существа, похожие на кроликов. На выручку приходит девушка в багряных сумерках, похожая как две капли воды на Асуку.

Вся жизнь Джасти Уэки Тайлора была чётко спланирована заранее: вступить в армию, получить лёгкую и хорошо оплачиваемую бумажную работу, а потом уйти в отставку и получать крупную солидную пенсию. Это был идеальный план, пока в один прекрасный день он не попадает в ситуацию с заложниками и каким-то чудом не спасает адмирала Космических Сил Объединённых Планет! И теперь Тайлора - человека, который даже примерно не знает, что такое дисциплинированность - назначают капитаном космического крейсера Соёказэ. Экипаж этого ветхого и полуразрушенного корабля представляет собой разношёрстную кучку неорганизованных отморозков, каких только можно себе вообразить, и они явно не испытывают тёплых чувств по отношению к своему новому добродушному командиру. Однако им лучше бы научиться уживаться друг с другом и работать вместе, ведь почти сразу после вступления новоиспечённого капитана в должность начинается война с могущественной Раалгонской Империей!

В 2050 году молодой инженер Деррида Ивэйн, работающий в компании, основанной его отцом, получил известность благодаря вкладу в развитие проекта автономных машин DZ. Однажды, Деррида и его коллега Нейтан обнаруживают ошибку в DZ и пытаются предупредить своего босса, однако их игнорируют. Хотя Деррида и Нейтан в курсе об опасности, они решают не принимать никаких мер. Вместо этого они отправляются на день рождения Мейдж, дочери Нейтана. На следующий день после праздника Деррида и Нейтан были атакованы неизвестными силами. Деррида смог бежать и попал в криогенную камеру. Через десять лет он просыпается в опустошенном мире в разгар войны, против группы вышедших из-под контроля DZ, почти сдавшись, он вспоминает последние слова Нейтана. Невзирая на тяжелую судьбу Деррида отправляется на поиски Мейдж.

Остров Урасима находится далеко от материка, в прошлом люди, живущие на этом острове, вели совсем беззаботную жизнь. Но пять лет назад три великие семьи острова потерпели ряд неудач, из-за чего на них обрушилось множество подозрений со стороны жителей. Люди начали обрывать все связи с материком, и вся культура острова пришла в упадок. Ключ к спасению острова таится в трех девушках, принадлежащих этим семействам. Но они связаны древними традициями и не должны конфликтовать между собой. В это непростое время на берег острова выбрасывает одинокого мужчину. Без имени, но с четким стремлением - он утверждает, что прибыл из будущего, чтобы помочь, и начинает одинокую борьбу ради изменения судьбы Урасимы.

В 2031 году произошла жуткая катастрофа, в ходе которой взорвался квантовый реактор и активизировал неизвестную ранее энергию. Она уничтожила все живое, кроме людей и машин, которые обрели невиданные способности к быстрой модернизации. Рабочее название этого явления «B.R.A.I.». Леон Лау – ученый и один из участников разработки того самого взорвавшегося квантового реактора. Случившаяся трагедия так повлияла на него, что он решил оставить город и уйти как можно дальше от людей, чтобы обдумать возможные варианты избавления от последствий взрыва. Вместе с ним живет девушка по имени Хлоя – она помогает ему по хозяйству, ведь сам Леон хоть и очень умен, но в домашних делах полный профан. Пока ученый раздумывал о своей разработке, «B.R.A.I.» пришла к нему сама и теперь в его руках судьба всего человечества.

Соя Курой обычный ученик старшей школы, который ничего не помнит о своем прошлом, но старается вести самую обыкновенную жизнь. Он совсем недавно перевелся в новую школу и еще не успел найти новых друзей, но зато успел познакомиться со старостой своего класса Нозоми Такамагахара. Ему она показалась очень забавной и доброй девушкой, которая любит завораживающие истории о призраках. Но внезапно над городом нависла огромная инопланетная машина, она просто висела в воздухе не производя никаких действий. На защиту города уже прибыли семь супергероев, которые довольно быстро расправились с захватчиками. Однако Сое поступил приказ уничтожить этих супергероев и теперь ему придётся сражаться с блюстителями порядка, вместе с двумя обворожительными девушками. Так на чьей же стороне теперь Соя, за добро или за зло?

Рёта Сакамото ненавидит реальный мир — друзей нет, мать постоянно капает на мозги и заставляет искать работу. Нет ничего, что могло бы удержать его от онлайн-игры, в которой Сакамото лидирует в общем рейтинге. Вот только что случится, если виртуальный мир вдруг поменяется местами с реальностью? В один прекрасный день парень приходит в себя на тропическом острове, не имея ни малейшего понятия, как он сюда попал. Вдали он видит человека, но когда приближается к нему, чтобы попросить о помощи, незнакомец кидает в него бомбу. В этот момент Сакамото осознает, что его жизнь в серьёзной опасности, ибо вокруг – реальная версия его любимой игры, под завязку наполненная контингентом, общаться с которым не пожелали бы даже пережившие «Королевскую битву». Главное – выжить, а там уже можно пофилософствовать о смысле бытия и вдоволь поспорить с сердечной подругой Химико – за что им досталась такая участь?

Природа обделила Харуюки Арита ростом и красотой, он всегда был объектом насмешек и издевательств со стороны одноклассников. Ему стыдно за свою жалкую жизнь, и поэтому он много времени проводит в виртуальном мире, который помогает ему забыться. И вот однажды с ним заговорила красавица Черноснежка — самая популярная девушка в школе, настоящее имя которой мало кому известно. Она предложила Харуюки принять участие в программе «Взрыв мозга» и попасть в ускоренный мир. В этом мире мышление игрока тысячекратно ускоряется и действовать в нем могут только избранные. В ускоренном мире есть только одна цель — выжить и победить. Теперь Харуюки уже не тот поросенок, каким был в виртуальном мире раньше. Он теперь Серебряный Ворон, помощник Черного Лотоса. Сможет ли наш герой победить и измениться — зависит только от него.

Люси — генетически модифицированное существо, так называемый Диклониус, которой удаётся избавиться от сдерживающих её пут и предпринять попытку к бегству, по пути жестоко убивая охранников лаборатории: только выстрелив ей в голову из крупнокалиберного оружия, пулю которого она не успевает отклонить, охрана смогла нанести ей ущерб. Однако Люси удаётся выжить, упав с утёса в океан и дрейфуя некоторое время, пока двое молодых людей, Кота и Юка, не находят её на пляже. Выстрел в голову вызвал потерю памяти и речевую дисфункцию: единственное, что она в состоянии сказать — междометие «ню», в честь которого нашедшие и окрестили её. В конце концов Кота отводит Люси к себе домой и позволяет ей жить там… Однако, похоже на то, что тёмная сторона Люси никуда не исчезла…